Пещерският манастир „Св. Николай Мирликийски“ се намира в Земенския край, в полите на Рудина планина, чийто най-висок връх е Сирищнишка Рудина. Светата обител се намира на километър и половина североизточно от село Пещера, община Земен. До нея води широка алея, която е добре поддържан към момента черен път.
Има сведения от местни хора за съществуването на Пещерския манастир още през 814 г. Първите писмени сведения се четат от т.нар. Мрачка грамота от 1 декември 1348 година – това е формален акт на българския цар Иван Александър, с който той дарява на светата обител много имоти. Грамотата понастоящем се съхранява в Хилендарския манастир в Атон. Във вековете на османското робство манастирът запада. Възстановен е през 1842 г. Сред ктиторите са монахът Симеон и синът му. По това време била изписана църквата от Димитър Томов Вишанов или Молеров, български зограф от рода Молерови, виден представител на Банската художествена школа. През Руско-турската освободителна война (1877 – 1878) османските войски опожаряват манастира при оттеглянето си и обесват монаха Симеон, а синът му по чудо се спасява и отива в Рилския манастир. След това манастирът е изоставен. По-късно отново е възстановен.
Самото село е близо до град Земен. Разположено е на около 80 километра югозападно от София, които се изминават с кола за около час и 10 минути. За село Пещера от София се отправяте към Земен и на входа на града поемате надясно още преди да сте влезли в него. Макар следващото населено място да е именно село Пещера, на синята пътна табела на този разклон, то не е изписано.
Като влезете в село Пещера (откъм Земен), за манастира трябва да се отклоните вдясно по първата пряка и после пак вдясно по втората. За ориентир там на кръстовището на втората пряка има чешма. След това улицата, по която трябва да завиете надясно става доста тясна и стръмна. Продължавате още малко по нея. След това пътят се разклонява, като на това място трябва да поемете по лявото разклонение, а малко след това сте вече на алеята. Следва остър завой наляво, беседка и после завой надясно, след който има място за паркиране. Ако се притеснявате от стръмни и тесни улици или просто искате да удължите разходката си, може да оставите колата в централната част на селото и да продължите пеша. Алеята е много приятна – лека за ходене, сред зеленина и с множество обособени зони за отдих и пикник. Тя е добре обозначена с табелки. Разстоянието от центъра до алеята не е много – около половин километър. Край началните беседки, докато сте още съвсем близо до селото, се откриват и красиви панорамни гледки надалеч. Като излезете от селото, ще ви трябва около половин час без бързане, за да стигнете до манастира.